万方查重和知网查重率的差异主要体现在算法和数据源上。万方查重侧重于学术论文查重，其算法更倾向于对学术文献的查重，因此在学术领域的查重效果更为突出。而知网查重率则更注重对整体网络内容的查重，包括网络新闻、博客等，因此在网络内容查重方面表现更为优秀。综合来看，两者在查重率上的差异并不是绝对的，具体差距会受到查重内容的影响。

此外，万方查重和知网查重率在使用体验和价格上也有所不同。万方查重通常需要购买会员或使用积分进行查重操作，费用较高，但在学术领域有较高的认可度。而知网查重率则提供了更多的免费查重服务，用户可以免费使用基本功能，但高级功能需要付费。因此，在选择查重工具时，需要根据自身需求和预算来综合考虑两者的优缺点。